Петухов придавал огромное значение межэтническим контактам, считая их однозначно гибельными. Дело было вовсе не в войнах и не в военнопленных, чему он отводил второстепенную роль. Гораздо опаснее ему казалась медленная инфильтрация «периферийных групп», внедрявшихся в «цивилизованное общество», навязывавших ему свою систему ценностей и тем самым подрывавших его. Такие группы, к которым Петухов относил прежде всего кочевников, якобы ничего не создавали, а лишь безжалостно разбазаривали и разрушали созданное другими. Главную роль в этих гибельных для цивилизации процессах он отводил смешанным бракам. Примечателен также его жгучий интерес к физическим особенностям народов: описывая различные группы, он никогда не забывал охарактеризовать их «антропологический тип», считая его принципиально важным и дающим ключ к загадкам истории.
Отрицая какую-либо «классовую борьбу», он видел в истории «борьбу суперэтноса творцов с предэтносами, неспособными к созиданию, но алчущими присвоить чужое». История представлялась ему борьбой разных этносов, обладавших диаметрально противоположными менталитетом и психологией (Петухов 2009а: 127; 2009б: 213). Он писал: «На наш взгляд, главное в Истории – не история государств, династий, т. е. не придворная хроника, а история этносов – их зарождение, становление, перерождение, гибель, иногда возрождение» (Петухов 2009б: 275). Соответственно, разные этносы и оценивались им по-разному – одни творили и созидали, другие – только разрушали, а потому «утверждать, что все этносы равны, что все они несут в себе равносозидающие и равноразрушающие начала, было бы антинаучно, лженаучно и просто ложно» (Петухов 2009б: 275). Мало того, из одной из важнейших книг Петухова читатель узнавал, что суть исторического процесса в Европе, начиная с эпохи Средневековья, составляла «большая расовая война», которую якобы вела «средиземноморская раса» против «русов-славян», являвшихся «истинными арийцами» (Петухов 2009б: 399). А в самом конце книги автор прямо заявлял, что описываемые им «русы» являлись «расой» (Петухов 2009б: 448–449).
Иными словами, Петухов возрождал классическую схему, выработанную когда-то расистами Гобино (о «вреде смешанных браков») и Гумпловичем (о «расовых войнах»), и пытался обосновать ее, используя концепцию этногенеза Л. Гумилева. Именно из последней он заимствовал такие понятия, как «суперэтнос» и «пассионарность», а также представление о том, что вековые события истории якобы объясняются местью «обиженных» своим «обидчикам». Кроме того, по примеру Гумилева он объявлял себя «этнологом» и доказывал, что именно история этносов и взаимоотношения между ними составляют суть истории. Правда, в заключительное десятилетие своей жизни Петухов подчеркнуто старался опираться на достижения современной науки, и в его последних работах уже не найти ссылок на «Влесову книгу». Теперь свои книги он подавал как «научно-популярные» и даже «научные» издания.
Взаимоотношения Петухова с наукой требуют особого обсуждения. Хотя в своей автобиографии он упоминает, что в 1980-х гг. якобы пошел на «полный разрыв с Отделением истории АН СССР», однако, не будучи историком, он никогда не имел никакого отношения ни к Отделению истории, ни к какой-либо организации профессиональных историков. Так что этого «разрыва» никто не заметил, кроме него самого. Однако отсутствие признания в кругах профессионалов, очевидно, было для него болезненным, и в своих «альтернативных историях» он никогда не упускал случая с яростью набрасываться на ученых, обвиняя их во всевозможных прегрешениях: недооценке «славянского прошлого», слепом следовании установкам «романо-германской школы», искажении истории в угоду неким политическим силам, сокрытии «исторической истины» от народа и пр. В частности, он укорял ученых в игнорировании разработок представителей патриотической «славянской школы» XIX в., вызывавших критику даже у своих современников, а затем и вовсе отброшенных за отсутствием научного подтверждения. Иными словами, Петухов всячески пытался представить ученых «фальсификаторами» – якобы их главной целью было утаивание исторической истины, чего от них требовали некие заинтересованные политические силы.
Себя же Петухов выставлял бескорыстным борцом за «истинное знание» и постоянно подчеркивал свой «профессионализм». На словах он всячески дистанцировался от «народной этимологии» и заявлял, что его работам она не свойственна (Петухов 2008: 274; 2009б: 30). Между тем подавляющее большинство его собственных экскурсов в лингвистику основывались именно на ней. Укоряя ученых в «искажении фактов» в угоду привходящим политическим соображениям, сам он именно этим и занимался. Например, обрушиваясь на «норманизм» за его обслуживание политических интересов, сам он стоял на позициях дремучего «антинорманизма», пытаясь возродить аргументы 200-летней давности, диктовавшиеся именно «патриотической», а не научной позицией (Петухов 2009б: 347–441). Иными словами, он постоянно обвинял ученых в тех прегрешениях, которыми сам в значительной степени и страдал.
Правда, Петухов старался следить за научными достижениями и со временем мог радикально менять свои взгляды. Так, совершив поездку по странам Ближнего Востока, к началу 2000-х гг. он кое в чем существенно пересмотрел свои более ранние воззрения. Если поначалу он с симпатией относился к «гиперборейской идее» (Петухов 1998а: 330–334), то затем, в отличие от многих других национал-патриотов, перестал искать «арийскую прародину» на далеком Севере (Петухов 2009а: 70, 83–84). Не признавал он и участия инопланетян в развитии человеческой цивилизации. Чтобы придать своим новым книгам «научный облик», он тщательно изучал обобщающие труды, написанные археологами и историками, и кусками заимствовал из них научные данные, включая их в свое повествование. Поэтому в отличие от многих своих единомышленников он, как правило, давал верные описания археологических культур и их датировки. Он даже иной раз ссылался на работы ученых, хотя и не любил это делать, считая это «порочным и недопустимым в подлинной науке [методом]» (Петухов 2009б: прим. на с. 246–247). Он предпочитал ссылаться на сочинения фантаста В. И. Щербакова, имя которого в его книгах встречается много чаще.